23 de março de 1553 – Duarte da Costa chega no Brasil para assumir o governo-geral, em substituição a Tomé de Souza, passando a ser assim a segunda pessoa a desempenhar essa função na colônia. Trouxe consigo 250 pessoas, inclusive seu filho, Álvaro da Costa, e os padres jesuítas Antônio da Nóbrega e José de Anchieta.

Os cinco anos de sua gestão não foram lá coisa boa, a começar pela briga permanente com o bispo do Brasil, Dom Pero Fernandes Sardinha, e pela incapacidade de evitar a ocupação francesa no Rio de Janeiro, em 1555.Dom Pero Fernandes Sardinha foi o primeiro bispo a ser nomeado para o Brasil e aqui aportou em 1551. Dois anos depois, quando o segundo governador-geral chegou, as duas autoridades se estranharam. Duarte acusava o bispo de autoritário e divergiam quando à destinação dos recursos arrecadados pelas paróquias e no item “escravização de índios”; Dom Pero detonava o governador e seu filho, Álvaro da Costa, especialmente este, por um rosário de delitos.

Em 1956, Dom Pero é chamado à Lisboa, onde pretende botar pra quebrar na dupla da Costa. Embarca na nau Nossa Senhora da Ajuda, saindo de Salvador no dia 1º de junho de 1556, mas nunca chegará a Portugal, pois a embarcação teria naufragado nas imediações da foz do Rio Cururipe, em Alagoas, e o prelado teria sido devorado pelos índios da localidade, nossos Caetés (em cuja folha corrida não consta a antropofagia), e suas denúncias sumiram junto.

Duarte da Costa é substituído, em 1558, por Mem de Sá, que expulsa os franceses. E não se falou mais nas acusações contra Duarte e Álvaro da Costa, que voltaram a viver em Portugal.